Государственный музей истории религии был образован в системе Академии наук СССР на основании решений Президиума АН СССР от 7 сентября 1930 г. и Секретариата ЦИК СССР от 26 апреля 1931 г. Инициатором создания Музея и его первым директором был выдающийся российский историк религии, этнограф и антрополог В. Г. Богораз-Тан (1865–1936). В основу коллекций нового музея были положены экспонаты из собраний Музея антропологии и этнографии им. Петра Великого (Кунсткамера), Государственного Эрмитажа, Библиотеки Академии наук и Государственного Русского музея, использовавшиеся в антирелигиозной выставке, созданной сотрудниками Академии наук в залах Зимнего дворца в Ленинграде в апреле 1930 г.

15 ноября 1932 года Музей был торжественно открыт в здании Казанского собора.