Коллекции и комплексы экспонатов:
· Коллекция «Происхождение религии» (фотоматериалы экспедиций, этнографические материалы).
· Коллекция «Восток» (буддизм, ислам, иудаизм, индуизм, даосизм, синтоизм).
· Коллекция «Запад» (христианство на Западе).
· Коллекция «Сектантство» (фотоматериалы о сектах и ответвлениях христианских конфессий — скопцы, духоборы, спириты, баптисты, старообрядцы).
· Коллекции «История православия и русский атеизм. Феодализм — начало XX в.», «Религия», «Контрреволюция» (материалы по истории религии в России).
· «Палестинская коллекция» (снимки, сделанные на Ближнем Востоке в 1860-1900-е гг. известными русскими и европейскими фотографами Ф. Бонфисом, И. Борщевским, Т. Дюма, Л. Фиорилло, Ф. Бредфордом, Б. Гентшелем, К. Буссе и др.; снимки русских церквей в Палестине 1900-х гг. и др.).
· Коллекция «Православные храмы» (снимки 1900-х гг.).
· Коллекция Н. П. Лихачева (снимки признанных шедевров православного искусства 1900-е гг.).
· Коллекция «Духовные лица» (фотопортреты православных священнослужителей 1900–1920-х гг.).
· Коллекция «Атеизм» (фотоматериалы 1918–1941 гг. — групповые портреты членов «Союза воинствующих безбожников»; антирелигиозные агитационные материалы; изображения храмов, переданных в ведение советских учреждений; материалы, свидетельствующие о борьбе с религией).
· Коллекция фотоматериалов 1950–1970-х гг. (материалы экспедиций ГМИР; сектантство в СССР).
· Коллекция «Плакаты» (снимки с советских антирелигиозных плакатов).
· Коллекция «Новые традиции» (материалы советского периода).
· Коллекция «Фонд МИР» (реставрация Казанского собора, сотрудники Музея истории религии и атеизма).
