Коллекции и комплексы экспонатов:
· Фонды государственных учреждений (Музей истории религии, Центральный антирелигиозный музей и др.). Содержит материалы о научной, экспозиционной, собирательской деятельности.
· Фонды общественных организаций — Центральный Совет Союза воинствующих безбожников, Московское вегетарианское общество, Объединенный совет общин и групп по отказу от воинской повинности и др.
· Фонды редакций журналов — «Вестник Священного Синода», «Голос Толстого и Единение», «Духовный христианин-молоканин» и др. Включает материалы из «портфеля» редакции, переписки с читателями, сведений об издании и распространении журналов и проч. Комплекс материалов издательства «Свободное Слово» кроме перечисленных документов содержит коллекцию документальных записей о жизни сектантов и преследованиях за религиозные убеждения в России конца XIX — начала XX в.
· Личные фонды: деятелей толстовского движения П. И. Бирюкова, И. М. Трегубова, Ф. А. Страхова, Е. В. Молоствовой и др.; фонды исследователей религии — Н. И. Субботина, С. Г. Лозинского, М. М. Шейнина, М. И. Лаврова и т. д. Крупнейший — фонд В. Д. Бонч-Бруевича (обширная коллекция документов по истории сектантства, православия и свободомыслия в России, экзегетические сочинения, духовная поэзия, собрание фотографий).
· Архивные коллекции. Включает документы, отражающие историю, вероучение, организационные особенности, взаимоотношения с властями различных христианских течений (баптисты, адвентисты, иеговисты, старообрядцы, скопцы, молокане, духоборцы, трезвенники). Комплекс материалов по истории масонства составляют документы отдельных лож, описания ритуалов, письма, философские сочинения.
Коллекция рукописных книг содержит рукописи на церковнославянском, латинском, польском, арабском языках: богослужебные тексты, сборники назидательного характера, теологические трактаты и диссертации, полемические сочинения, сборники проповедей.
