Коллекции и комплексы экспонатов:
· Высокое средневековье (сочинения Фомы Аквинского, Райнерия Пизанского и др.).
· Позднее средневековье (сочинения кардинала Пьера д’ Альи, испанского богослова-томиста Раймунда Себундского и др.). Знаменитый памятник деятельности инквизции «Молот ведьм» Г. Инститориса и Я. Шпренгера представлен изданием нюрнбергского печатника Антона Кобергера 1496 г. Сочинение Аврелия Августина «О христианской науке», изданное ок. 1475 г. в Кракове, является одним из наиболее ранних памятников польского книгопечатания.
· Собрание трудов Уильяма Оккама.
· Гуманистическая литература (иллюминованная книга «Жизнеописания пап» Бартоломео Платины, изданная Антоном Кобергером в Нюрнберге в 1481 г. и др.).
· Комплекс печатных текстов Библии. Жемчужины коллекции — двуязычный Новый Завет Эразма Роттердамского, переизданный Н. Брилингером (Базель, 1564); латинский Новый Завет Себастьяна Кастеллиона, отпечатанный при жизни автора Иоганном Опорином (Базель, 1553). Из официальных церковных версий в собрании представлены экземпляры католической латинской Вульгаты и протестантских переводов на национальные языки: «Библия курфюрстов» нюрнбергского печатника Вольфганга Эндтера (1649); французская кальвинистская «Женевская Библия» в издании Л. и Д. Эльзевиров (Амстердам, 1669), «Картинная Библия» Библия Пискатора (Амстердам, 1650) и др.
· Богословские произведения XVI–XVII вв.: католическая церковная литература, публикации католических и протестантских ученых по церковной истории и библеистике, сочинения основоположников протестантизма и неортодоксальных религиозных мыслителей. В том числе — одно из первых полных собраний сочинений Лютера (Альтенбург, 1661–1664), труды Филиппа Якоба Шпенера («Христианские покаянные проповеди», 1687) и др.
· Собрание произведений янсенистов, включающее перевод Нового Завета Леметра де Саси (1697), труды Антуана Арно («Логика или искусство мыслить», 1664), полемические трактаты против иезуитов, исторические сочинения.
· Сочинения западноевропейских авторов XVII в. по философии, истории, естествознанию, технике, записки путешественников и т.д.: прижизненные издания трудов Френсиса Бэкона (1626), Томаса Гоббса (1626) и др. К числу редчайших изданий относится книга итальянского философа Чезаре Ванини «Амфитеатр вечного провидения» (1615) и знаменитое «Путешествие в Московию» Адама Олеария (изданиие Я. Глокена, Шлезвиг, 1647).
· Книги, изданные за пределами России: Минея (1538), и Молитвенник (1547), отпечатанные в Венеции; Евангелие (1683) и Псалтирь (1697) львовской печати.
· Книги печатников Москвы XVI–XVII вв. Собрание располагает уникальным единственным до сих пор сохранившимся иллюминованным экземпляром Евангелия, изданного в Москве в 1632 г. Коллекция достаточно полно отражает путь, пройденный славянским книгопечатанием за два века его истории. Записи на книгах — владельческие, вкладные, продажные, читательские пометы. Среди держателей книг музейного собрания были цари Михаил Федорович и Алексей Иванович, патриархи Никон и Иоасаф II, монастырские библиотеки, бояре, посадские люди, приходские священники, крестьяне.