Директор
- Служба безопасности
- Специалист по охране труда
- Специалист по гражданской обороне и чрезвычайным ситуациям
- Автохозяйство
- Административно-хозяйственный отдел
- Отдел материально-технического снабжения
- Советник
- Заведующий канцелярией
- Секретарь директора
- Отдел кадров
- Юридический отдел
- Планово-экономический отдел
- Информационно-технический отдел
-
Главный хранитель фондов
- Отдел научной консервации и реставрации фондов
- Отдел «Религии Востока»
- Отдел «Православие»
- Отдел «Религии архаических обществ и Древнего мира»
- Отдел рукописей и редкой книги
- Отдел хранения драгоценных металлов и тканей
- Отдел «Христианство на Западе»
- Отдел «Научно-вспомогательные материалы»
- Отдел учета фондов
- Отдел «Фотонегамультимедиа»
- Сектор хранения Видеографического банка данных
- Отдел хранения экспозиции
- Сектор по обеспечению сохранности музейных предметов
-
Заместитель директора по научной работе
- Отдел по связям с религиозными организациями
- Ученый секретарь
- Отдел «Научная библиотека»
- Отдел инновационных технологий
- Отдел образовательных программ и научно-методической работы
- Сектор образовательных программ
- Сектор детских программ
- Сектор инклюзии
- Редакционно издательский отдел
- Издательский сектор
- Отдел «Научное проектирование экспозиций и выставок»
- Сектор художественных и монтажно-технических работ
- Научно-просветительный отдел
-
Заместитель директора по общим вопросам
-
Заместитель директора по развитию
- Отдел по связям с общественностью
-
Главный бухгалтер
- Бухгалтерия
-
Главный инженер
- Эксплуатационный отдел
