За последние десять лет, с 2000 по 2009 г. в фонды поступило более 1600 единиц хранения. Важнейшая составляющая научно-фондовой работы – закупочная политика музея. Предметы приобретаются как у частных лиц, так и в антикварных магазинах. Путем закупки в 2000-2009 гг. в музей поступило около 800 единиц хранения. Так, в 2005 г. музей приобрел монгольские танки XIX в. из коллекции Б.И. Панкратова, в 2003-2007 гг. - экспонаты из собрания известного коллекционера И.М.Козлова для фонда «Религии Востока».
Прекрасным пополнением фонда «Православие» стало приобретение предметов культа, выполненных в художественно-промышленных мастерских «Софрино»; произведений современной религиозной живописи; икон современных иконописцев, выполненных по специальному заказу музея. Из числа последних в состав выставки вошла созданная екатеринбургской художницей Т.Ф. Водичевой в 2007 г. икона святых преподобномучениц великой княгини Елисаветы и инокини Варвары. Икона представляет собой уменьшенное авторское повторение иконы из иконостаса храма Новомучеников и исповедников Российских, построенного вблизи Алапаевска на месте гибели святых.
За прошедшие годы музейное собрание западноевропейской живописи среди прочего пополнилось двумя интересными произведениями – картиной неизвестного фламандского художника XVII в. «Благовещение», выполненной в редкой технике живописи на металле, и работой немецкого художника XIX в. Л. Дифенбаха «Молящаяся».
Более 370 экспонатов были переданы в дар Музею. В 2001 г. члены старообрядческой общины штата Орегон (США) подарили Музею истории религии уникальные старообрядческие костюмы, имеющие религиозно-символическое значение.
Большое пополнение фонда «Тканей» составили дары религиозных организаций и объединений Санкт-Петербурга, с которыми у музея сложились за последнее время тесные дружеские и творческие контакты. Демонстрируемый на выставке халат для совершения хаджа, переданный Музею в 2008 г., был получен в дар от короля Саудовской Аравии шейха Фахда-аль-Сауда имамом-хатыбом Санкт-Петербургской Соборной мечети Ж.Н. Пончаевым во время его первого хаджа в Мекку и Медину в 1979 г. Несколько интересных экспонатов, пополнивших японскую коллекцию музея, поступило в дар от Международного научного общества «Синто».Одним из важнейших способов расширения фондов Музея всегда были собирательские экспедиции. Во время научных командировок в другие регионы страны и за границу за последние десять лет было приобретено для фондов Музея около 500 экспонатов. На выставке представлены предметы, привезенные сотрудником ГМИР В.Н. Мазуриной в 2006 г. из поездки в Непал, а также несколько экспонатов, приобретенных И.А. Павловой во время ее командировки в Южную Корею в 2001 г.
